همانطور که گفتیم، دوره آموزش دکترای پزشکی، در مجموع، هفت سال است. این دوره، شامل 290 واحد درسی است و به چهار مرحله مجزا تقسیم می‌شود:

• علوم پایه. در این مرحله، دانشجو با ساختمان بدن انسان و اعمال فیزیولوژیک او و همچنین، عوامل زیستی بیماریزا و مکانیسم دفاعی بدن در برابر آن‌ها و اصول مسائل بهداشتی، آشنا می‌شود. طول این دوره، ۲ سال است و طی آن، ‌دانشجو موظف به گذراندن 91 واحد نظری و عملی است که مهمترین درس‌های تخصصی آن عبارتند از:
  • (+) آناتومی تنه
  • (+) روان‌شناسی
  • (+) بیوشیمی
  • فیزیک پزشکی
  • آنااتومی اندام
  • (+) بافت شناسی
  • بهداشت
  • (+) آناتومی سر و گردن
  • (+) ژنتیک
  • (+) جنین‌شناسی
  • (+) فیزیولوژی
  • باکتری‌شناسی
  • انگل شناسی
  • (+)ویروس‌شناسی
  • (+) پاتولوژی
  • (+) ایمونولوژی

حسن ختام این بخش، عبور از آزمون جامع است. این آزمون،‌ دوبار در سال برگزار می‌شود و هر دانشجو، به شرط گذراندن کل واحد‌های درسی، می‌تواند حداکثر ۳ بار در آن شرکت کند. دانشجویانی که دست کم به ۵۰ درصد پرسش‌ها پاسخ درست بدهند، وارد مرحله بعدی تحصیل خواهند شد. دانشجویانی که به هر دلیل، موفق به عبور از این سد نشوند، می‌بایست به دلخواه خود، به یکی از رشته‌های مقاطع کاردانی یا کارشناسی، تغییر رشته دهند.

• نشانه شناسی و فیزیوپاتولوژی. طول این دوره، یک سال و مشتمل بر 30 واحد تئوری و عملی است. هدف از آموزش در این مرحله، عرضه مباحثی است که بتواند ضمن دادن آگاهی از مبانی فیزیولوژیک، دانشجو را با ساز و کار بیماری‌ها و عوامل موثر در آن‌ها و همچنین، نمودها و نشانه‌های بیماری‌ها آشنا کند.
  مهمترین دروس این دوره عبارتند از:
  • بیماری‌های قلب و عروق
  • بیماری‌های غدد
  • بیماری‌های تنفسی
  • پاتولوژی اختصاصی
  • نشانه‌شناسی پزشکی
  • بیماری‌های گوارشی
  • بیماری‌های خون
  • بیماری‌های روماتیسمی
  • بیماری‌های کلیه
  • فارماکولوژی
  • کارموزی بهداشت
  • کارگاه مهارت‌های بالینی

پس از پایان این دوره مهم، دانشجویانی که موفق به کسب نمره قبولی در تمام واحدها شده باشند، وارد مقطع کاراموزی می‌شوند.

• کاراموزی بالینی. این مقطع،‌ که شامل حدود 95 واحد نظری و عملی است، بین ۲۰ تا ۲۲ ماه، طول می‌کشد و هدف از آن، کسب توانایی تشخیص بیماری‌ها از دیدگاه بالینی و آزمایشگاهی و همچنین به دست آوردن توانایی‌های لازم در به کار بردن اندیشه و استقلال و نتیجه‌گیری سریع است. این مقطع، شامل دو بخش مجزا است که یکی بر بالین بیماران بستری در بخش‌های بیمارستانی و دیگری در درمانگاه‌ها انجام می‌شود. به این ترتیب، علاوه بر گذراندن دروس دانشگاهی، دانشجو در این مقطع، نحوه برخورد صحیح با بیمار را نیز فرا می‌گیرد.
  مهمترین درس‌های مقطع کاراموزی پزشکی عمومی عبارتند از: اخلاق پزشکی، پزشکی قانونی، کاراموزی در بخش‌های جراحی (عمومی، بیهوشی،‌ ارتوپدی، اورولوژی)، اطفال، داخلی، داخلی قلب، عفونی، اعصاب، زنان، رادیولوژی، چشم، گوش و حلق و بینی، پوست، روانپزشکی.

پس از گذراندن این دوره،‌ مرحله کارورزی  آغاز می‌شود که شرط ورود به آن، کسب قبولی در کارموزی کلیه بخش‌ها و درس‌های مرحله قبل و موفقیت در آزمون پیش کارورزی است. در این مورد هم، مانند آزمون جامع، شرط قبولی، کسب حداقل 50٪ نمره کل آزمون است و هر دانشجو می‌تواند، حداکثر سه بار در این آزمون،‌ شرکت کند و در صورت عدم قبولی، به یکی از رشته‌های مقاطع پایین‌تر، تغییر رشته دهد.

• کارورزی. این دوره، آخرین مقطع از دوره شش ساله دکتری عمومی و شامل 68 واحد عملی و کشیک‌های شبانه است که در مدت 18 ماه، ارائه می‌شوند. عمده مباحث این مقطع،‌ عبارتند از: کارورزی در بخش‌های اطفال، داخلی CCU، جراحی (عمومی، بیهوشی،‌ ارتوپدی، اورولوژی)، داخلی و عفونی.
  جلسه دفاع از پایان نامه 6 واحدی، پایانِ نامه بلند این دوره آموزشی ۶ ساله خواهد بود.